L’ambition de Carnoy, par cet enseignement, est d’envisager « la cellule sous toutes ses faces, au point de vue de l’anatomie, de la physiologie et de la biochimie ; car c’est sous ces aspects divers qu’il doit servir de fondement aux études subséquentes. En disant qu’il doit être approfondi, nous nous gardons bien d’exiger qu’il soit encyclopédique : un cours qui se perd dans les détails ne saurait être approfondis [sic]. Ce que nous voulons c’est que l’on fasse toucher du doigt la constitution chimique essentielle et accidentelle de la matière vivante, la constitution organique fondamentale des diverses parties de la cellule : membrane, protoplasme, noyau ; qu’on s’appesantisse longuement sur les phénomènes physiologiques principaux ». Dans son cours, Carnoy insiste sur la nécessité de faire de l’étude de la cellule une branche à part. Ce cahier illustre par ailleurs parfaitement la revendication du professeur pour un cours pratique de biologie cellulaire : les schémas sont nombreux ; ils prouvent combien Carnoy favorise l’observation individuelle au microscope et défend l’expérience dans la formation des jeunes médecins ; les étudiants sont amenés à étudier une cellule au microscope et à la dessiner. Le louvaniste s’impliquera encore dans les discussions autour de l’amendement de la loi de 1890, suggérant des stages pratiques, à nouveau sans succès. Il aura au moins transmis à son disciple, Hector Lebrun, cette volonté de faire évoluer l’enseignement universitaire.